Датой основания города-крепости Кронштадт на острове Котлин в Финском заливе считается 13 (7 — по старому стилю) мая 1704 года. Город-крепость нужна была в то время для защиты Петербурга от нападения шведов с моря.

Издревле, на острове Котлин (по фински — Ретусаари, по шведски — Рейтшер) проживали русские люди. По Ореховскому мирному договору 1323 года остров был границей между Новгородской землёй, а затем Россией, — с одной стороны и Швецией — с другой, а по Столбовскому мирному договору 27 февраля 1617 года отошёл к шведам. Об основании этой крепости существует интересная легенда. В 1703 году высадившиеся на остров русские пехотинцы застали врасплох ничего не подозревавших шведов. Заслышав громкое «ура», шведы показали пятки, оставив на огне котёл со шведскими вкусностями. Этот трофейный котёл вошел в название острова и занял позднее место на гербе Кронштадта.

Но это только легенда. На самом деле название Котлин появилось задолго до Северной войны, так как часть Финского залива под названием «Маркизова лужа» имеет форму котла. В конце лета 1703 шведы ушли с острова Ретусаари на свои незамерзающие базы. Осенью 1703 русские войска заняли остров и в зиму 1703-1704 построили форт на северном конце острова, по фарватеру со стороны материка. При строительстве крепости учитывалось требование проекта архитектора Доменико Трезини, по которому орудийный огонь пушек форта перекрывал бы судоходный южный фарватер, ведущий к Неве. По чертежу первого форта крепости, выполненному Д. Трезини, она представляла собой трёхъярусную мазанковую деревянную десятигранную башню, установленную на искусственной основе. Сперва на льду сколачивались ряжи (деревянные срубы, заполненные внутри камнем), вокруг них прорубались проруби (майны), после чего, заполнявшиеся камнями ряжи опускались на дно под своей тяжестью, создавая основу для насыпи, и на этой основе возводилось уже здание. К весне 1704 здание со всей фортификацией было готово.

Не зря царь Петр, отдавая приказ о строительстве фортификационного сооружения, отмечал: «Будет он (Котлин) шведам, как кость в горле». В следующую весну шведские корабли, открыв навигацию, обнаружили в заливе новую крепость, закрывшую им проход в Невскую губу. 7 (13) мая 1704 крепость Кроншлот, т. е. «Коронный замок», торжественно освятили в присутствии царя. 12 июня артиллерия Кроншлота отразила первое нападение врага — эскадры шведов под управлением вице-адмирала Депру. Вице-адмирал подверг обстрелу Кроншлот, но огонь шведских пушек оказался безрезультатным. Двое суток бомбардировали шведы форт, но ни одна бомба не попала в Кроншлот. Шведы просто развернули корабли от неприступной крепости и ушли в открытое море.

В бою 10 июня «неприятель нашим бомбам честь воздал, — писал К. Крюйс, — для того от острова Ричарта (Котлина) отстал». Только «щепы от бомбардирских их судов вверх летели». В бою 14 июля было убито 300 шведов, а в плен взяты 30 человек. 19 августа состоялся крупный бой семи галер со шведами, корабли захватчиков были выгнаны в открытое море. После этого года Пётр начал именовать Кроншлот «крепкой подушкой Санкт-Петербурга». В 1706 Петр I в спешном порядке приказал построить на месте Толбухинской батареи форт «Святого Александра» («Александр-шанец»).

В Кроншлот на постоянное местожительство сразу начали прибывать люди, а в середине января 1712 года был обнародован именной указ Петра I о выделении из разных губерний трех тысяч человек для «строения на Котлине острове фортеции и жилья». Одновременно с работными людьми указ предписывал появление 1000 «шляхетских», 500 купеческих и 1000 ремесленных домов. В том же 1712 году на острове Котлин был построен один из первых заводов — кирпичный, руководимый князем Ю. Щербаковым. Первыми каменными домами на острове стали дома Меншикова и Апраксина, которые были построены уже к 1713 г. Одним из первых строителей Кронштадтской крепости был англичанин Эдвард (Идверд) Лейн, которому царь поручил в 1713-1720 гг. наблюдать за постройкой гаваней, маяка, канала и доков на о. Котлин. 18 мая 1720 г. Петр I подписал указы об обороне крепости. По указу Петра I, данному главному командиру флота шаутбенахту П. И. Сиверсу: «Оборону флота и сего места держать до последней силы и живота, яко наиглавнейшее дело».

7 (18) октября 1723 Пётр I с императрицей Екатериной участвовали в закладке на острове Котлин крепости Кронштадт (что означает «Город-крепость» или «Укреплённый город») «которая заключала в себе весь город и все портовые сооружения, и служила бы делу обороны со всех сторон». В «Журнале или подённой записке» читаем: «А во 2-м часу пополудни, заложили (крепость) таким образом: перво был молебен с водоосвящением и на молебне именована Кронштадт, а по молебне наперед сам Е. В. изволил положить три дернины, потом Ея Величество Государыня Императрица изволила положить три дернины, после того прочие все по одной дернине, а как положили все, то Е. В. угол отрезал, как быть больверку, а с Кроншлота учинена из пушек стрельба». Солдаты и матросы закрыли это место дёрном. Форт-остров «Цитадель» (позднее переименованный в форт «Император Петр I») был построен в 1721-1724 годах. Крепость, окружавшую Кронштадт с моря и суши, построили в 1723-1747 годах. Так с 1720-х годов Кронштадт превратился в основную базу Балтийского флота. «Фортеция зело великая» — говорил Пётр I о неприступной красавице.

Город жил и сражался буквально всегда. Не бои, так пожары и наводнения посещали его. Именно борьба за выживание стимулировала его развитие. От первых строений Кронштадта до нас дожили лишь часть укреплений форта Кроншлот, Петровский док, Опытный бассейн. Большая часть старого Кронштадта погибла во время страшного пожара 1764 года, и Кронштадт начали восстанавливать по генеральному плану архитектора. С. И. Чевакинского. Причиной появления Адмиралтейства стал страшнейший пожар в столице в 1782 году. Увидев масштабы пожара из окон Зимнего дворца, императрица Екатерина II повелела перенести опасный промышленный объект в Кронштадт. С 1783 года начали возводить комплекс зданий кронштадтского адмиралтейства по проектам архитекторов М. Н. Ветошникова, В. И. Баженова и Ч. Камерона. Строительство шло медленно. В 1786 году было открыто Морское офицерское собрание, ставшее центром культурной жизни города. Затяжное строительство Адмиралтейства привело к тому, что Павел I отменил перенос Адмиралтейства в Кронштадт. Адмиралтейский комплекс в крепости все-таки был достроен в 20-х годах XIX века.

В начале XIX века произошел разрыв дипломатических отношений с Англией (до войны, правда, дело не дошло). В 1800 году к юго-западу от Кронштадта был построен форт Рисбанк — одноярусное деревянное укрепление на ряжах (два бастиона, соединенных куртиной). В 1807 году восстановили Александр-шанц, разрушенный в 1801 году, возле него был построен редут «Михаил», а на юге острова построили Александровскую батарею. В 1824 году за пожаром пришло страшнейшее наводнение. Пострадали жилые дома, укрепления, склады, десятки людей стали жертвами этой катастрофы. Большая часть города оказалась под водой. Постепенно начали перестраиваться форты крепости. Так как деревянно-земляные постройки с ряжевым основанием не были долговечны, то их меняли на каменные. Появлялись всё новые форты.

Руководил работами по восстановлению города от наводнения Комитет об устройстве города Кронштадта. В результате его деятельности сооружены были Гостиный двор (1835), комплекс Военно-морского госпиталя (1840), Арсенал (1836) и множество других построек. К 1848 году в Кронштадте было уже пять фортов, в том числе из не названных «Пётр», «Павел», «Александр». Форт «Константин» появился в 1808 году, сперва это была деревокаменная батарея, получившая название «Двойная южная батарея» (название «Двойная» было связано с тем, что батарея была двухъярусной), затем укрепление перестроили в камне в 1857 году.

В Крымскую войну англо-французские эскадры два года блокировали Петербург, но приблизиться к Кронштадту так и не смогли. В городе многое было подчинено строительству флота. В 1858 году завершилось строительство Пароходного завода. В 1870-1880 годах на искусственных островах выросли десять морских батарей, по сути своей мощных фортов. Кронштадт стал сильным военно-промышленным и научным городом. Над «чудо-оружием» работали здесь выдающиеся ученные и изобретатели: Б. С. Якоби — конструктор минного оружия, Е. П. Тверитинов — первый русский светотехник, А. Ф. Можайский, построивший летательный аппарат, А. С. Попов — изобретатель радио, А. Ф. Александровский — создатель крупнотоннажной подводной лодки и торпеды. На территории форта с 1897 года работала противочумная лаборатория — «Институт экспериментальный медицины», и форт получил второе название — «Чумной».

Кронштадт славился не только научно-техническими достижениями, но и высокой духовностью своих жителей. Красивейшим местом расцветшего на острове города был заложенный в 1805 году по проекту А. Захарова и А. Акутина и освященный в 1817 собор Андрея Первозванного (разрушен в 1932 г.). В этом храме c 1855 по 1908 гг. служил талантливый проповедник и богослов, по молитвам которого происходили исцеления душ и телес человеческих, Святой праведный Иоанн Кронштадский, в миру Иван Ильич Сергиев (1829-1908) — священник, духовный писатель и мыслитель, основатель Ставропигиального женского монастыря на речке Карповке в Санкт-Петербурге, ныне носящего имя своего основателя. Десятки поколений молились в Андреевском соборе и за себя, и за Царя, и за Отечество. Одна из последних проповедей святого праведного Иоанна Кронштадского была произнесена в Андреевском храме: «Научись, Россия, веровать в Бога, и учись у твоих святых предков Вере, Мудрости и Мужеству! Господь вверил русским великий спасительный талант православной веры. Восстань же, русский человек, перестаньте безумствовать. Довольно! Довольно пить горькую, полную яда чашу и вам, и России!»

Собор Владимирской иконы Божией Матери был освящён главным священником армии и флота протоиереем Петром Покровским 24 февраля 1880 года. В 1903-1913 годы на якорной площади в центре города был возведен Морской собор. Это храм — памятник, напоминающий церкви Византии, был посвящен всем российским морякам, павшим при исполнении служебных обязанностей. Купол собора просматривался на многие мили и служил ориентиром для плывущих домой моряков. Богоявленская часовня «Спас на водах» была построена в 1903-1904 годах к 200-летию города в память о разобранной деревянной Богоявленской церкви.

К 1914 году были выстроены четыре крупных форта — «Константин», «Александршанц», «Обручев» (в советские годы — «Красноармейский»), и «Тотлебен» (в советские годы — «Первомайский»), а рядом с городом-крепостью был построен мощнейший форт «Красная Горка». Кронштадт начала ХХ века — это одна из самых грозных крепостей в мире. В акватории между городом-крепостью и берегами Финского залива находилось 17 морских фортов с трёхметровыми бетонными стенами. Тяжёлая артиллерия этих фортов контролировала сектор залива радиусом 20 километров. Защищали Петербург с моря вынесенные за ограду основной крепости форты вместе с подводными преградами. «Цитадель», «Рисбанк» («Павел I»), «Александр I» («Чумный»), «Князь Меншиков», «Обручев», «Риф», «Тотлебен», «Шанц», «Ден», «Ино», «Красная горка» и другие форты Кронштадта всегда стояли на страже Санкт-Петербурга.

Кронштадтцы-моряки участвовали и в революциях 1905-1907 и 1917 гг. В марте 1921 г. гарнизон Кронштадта и команды нескольких кораблей Балтики выступили с оружием против «военного коммунизма» в Кронштадтском восстании, подавленном большевиками. В годы Великой Отечественной войны город-крепость заслонял собой Ораниембаумский плацдарм. С начала войны артиллерия Кронштадта и корабли Балтийского флота отбивали атаки немецких захватчиков. Во время блокады Ленинграда Кронштадт подвергался массированным бомбардировкам и артобстрелам. Он был сильно разрушен, но, тем не менее, продолжали действовать ремонтная база кораблей Балтийского флота, лаборатория по размагничиванию судов и база подводных лодок, топивших вражеские транспорты и боевые корабли в Финском заливе и Балтийском море.

Город после войны восстанавливали, форты же в начале 1960-х были оставлены военными. В декабре 1984 года остров был соединён с материком дамбой с северной стороны. Город-крепость продолжал оставаться под фактическим управлением военных до середины 1990-х годов. 11 ноября 1996 года закрытый прежде город Кронштадт был открыт для свободного посещения. В 2012 году были завершены работы на дамбе. Теперь на остров ведет отличное шоссе и с севера, от Лисьего Носа, и с юга, от Ораниенбаума.